环境与生物工程学院目前设有环境科学与工程系、生物工程系、核环境系（筹）、分子代谢中心、南京理工大学科技咨询公司、南京理工大学水处理研究所、南京理工大学环境工程设计研究所等单位。开设环境工程、生物工程、辐射防护与环境工程3个本科专业。
其中环境工程专业成立于1979年，环境监测专业成立于1983年，均是江苏省成立最早，也是国内同类院校中较早招生的环境类专业。1998年，根据教育部学科专业调整求，环境工程专业与环境监测专业合并，成立了新的环境工程专业，并获评国防科工委重点学科，江苏省特色专业；生物工程专业成立于1994年，是“211”工程重点建设学科；辐射防护与环境工程专业成立于2007年，是国防科工委紧缺专业、国防特色专业。
学院拥有省部级重点学科1个，省部级特色专业1个，工业和信息化部紧缺专业1个。建有国家推广中心1个，教育部工程中心1个，江苏省技术中心1个，江苏省高校重点实验室1个。拥有1个一级学科博士点、1个二级学科博士点、4个硕士点、2个工程硕士领域。
根据国内外环境和生物工程相关专业发展趋势，逐步形成了水污染控制理论与工程、大气污染控制技术与工程、固体废弃物处理与处置技术、环境监测理论与技术、膜分离理论与技术、环境生物材料、基因工程与生物物质分离提取，生物化学与酶工程，资源微生物开发和利用、辐射防护与环境工程等多个研究方向。
学院已建立起高水平的由名誉院长唐孝炎院士领衔的学术队伍近50人，其中教授9人，副教授21人，高级职称29人，教师和科研人员中拥有博士学位的比例达到77%，具有海外留学背景的超过60%，形成了结构优化、团结协作、富有创新的团队。一些中青年教师已迅速成长为国内有一定影响的学科带头人，多人分别获得“中国青年科技奖”、“全国环保杰出贡献者”、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、“教育基金”、“江苏青年科技奖”和“省部级有突出贡献中青年专家”等奖励。
近年来，学院先后承担了国家863、973、国家自然科学基金、国防军工等一批重点重大项目，科研经费逐年上升。发表学术论文1000余篇。先后获得包括国家科技进步一等奖、省部级科技进步一等奖等在内的各类国家、省部级科技成果奖30多项；同时，学院还积极与大型企业合作，完成许多产学研及环保合作项目，解决了围绕企业的环保技术难题，在国内外具有较高的知名度和影响力。
学院十分注重国内外的学术交流和合作。与美国、加拿大、澳大利亚、法国、瑞典、日本等国及港台地区的高校和科研机构建立了长期的合作关系。每年派出多名访问学者、交流学者、研究生到国外知名高校学习交流，有效提升了学院的自主创新能力和科技竞争力。
专业介绍及就业方向
1.辐射防护与核安全本专业是工业和信息化部国防科工局国防特色专业，是国家能源战略发展的紧缺专业。辐射防护与核安全专业融辐射防护、安全工程、污染防治于一体，以“辐射环境监测与评价”和“放射性污染防治”为特色，以优良的教师队伍和学生群体为主体，以学科建设和教学改革为导向，充分结合校内实验室和校外实习基地的优势条件，开展专业建设和高素质人才培养。近年来，本专业培养了一批从事辐射环境监测和核安全工程的规划设计、研究开发和工程管理的高素质工程技术人才。他们运用所学专业知识，结合核电子学和辐射环境评价技术等，在辐射防护、辐射环境工程及核与辐射安全领域大显身手。本专业毕业生可就职于国家能源（如核电）、国防科技工业、环境保护、医疗卫生等领域的科研院所、高等院校、高新技术企业等，并主从事放射源设备设施的安全评价与管理、放射性废物与辐射污染环境的处理与处置、辐射环境的监测与评价等工作。
2.环境工程
本专业入选教育部“卓越工程师教育培养计划”，通过了全国工程教育认证，为江苏省特色专业和重点专业，拥有“江苏省环境科学与工程实践教育中心”。环境工程学科是工信部重点学科，拥有“江苏省化工污染控制与资源化高校重点实验室”、“化工污染控制教育部工程研究中心”等省部级重点实验室和工程中心。本专业以化学化工为基础，涉及的内容主包括水污染控制理论与技术、大气污染控制理论与技术、固体废弃物的处理与处置技术、膜分离理论与技术、环境功能材料制备与应用、环境监测理论与技术、环境生物技术等。环境工程专业培养国家环境保护事业发展所需的高层次技术人员、科研人员和管理人员。在培养过程中注重学生环境工程领域相关理论、工程设计知识的学习和应用，同时加强学生的国际交流合作，拓宽学生国际视野，适应社会需求。毕业生就业方向主是设计单位、科研单位、政府部门、高等院校、工业企业的环保机构等。
3.生物工程
本专业为江苏省重点专业，是以生物化工为学科依托，结合生物学、化学和工程技术相关知识，以生物技术研究成果为基础，借助工程技术以实现产业化为基本任务的工科学科。通过四年学习，学生应系统掌握生物工程的基础知识和基本理论；掌握本专业所需的数学、物理学、化学、生命科学、信息学等学科的基本知识；熟练掌握基因工程、发酵工程、生物反应工程、生物分离工程等实验与操作的基本技能。在人才培养方面注重培养学生良好的自学习惯和能力、较好的表达交流能力、一定的计算机及信息技术应用能力。使其具有一定的国际视野，一定的外语应用能力和跨文化交流与合作能力；一定的创新意识、批判性思维和技术革新的能力。本专业旨在培养在生物工程领域从事生产、管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才，以及适应未来生命科学及生物技术发展的学术型人才。
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